Varhaisempina aikoina Kittilä on kuulunut Kemin Lappiin ja täällä olleet saamelaiset tulivat kristinuskoon käännytetyiksi 1600-luvun alkuun mennessä. Ensimmäiset suomalaiset talot syntyivät 1630-luvulla ja aiemmin saamelainen Kittilä suomalaistui 1600-luvun kuluessa. Saamelaisten hengellistä hoitoa varten oli rakennettu vaatimaton seutukirkko Hanhimaan ja Lintulan välille lappalaisten vanhan talvikylän tuntumaan Kirkkokuusikkoon vuoden 1605 seutuvilla kuningas Kaarle IX:n ajalla. Kirkko lienee ollut pystyssä vain kymmenisen vuotta, sillä 1620 se oli jo palanut.

Vuodesta 1673 Kittilä kuului Kuusamon eli Maanselän seurakuntaan, seurakunnan kirkkoherran asuessa aluksi Kemin Laurilassa vuoteen 1691 asti. Jumalanpalveluspaikkana oli kittiläläisillä Sodankylän 1689 rakennettu saamelaiskirkko, joka pysyikin kittiläläisten pääkirkkona aina seurakunnan itsenäistymiseen vuoteen 1854 saakka. Vuodesta 1747 Kittilä oli suuren Sodankylän seurakunnan luoteisosaa ja saavutti Sodankylään kuuluvana kappelikunnan aseman 1825. Samoihin aikoihin Kittilä sai ensimmäiseksi papikseen kappalaisen Johan Nordbergin, joka palveli uskollisesti seurakuntaa 42 vuotta. Hänen hautansa on Puolakarin hautausmaalla nykyisellä sankarihautausmaalla, kirkon takana.

Kun Sodankylän kirkkoherra tuli 1700-luvun jälkipuolella käräjäaikaan tai kesäkirkkoaikaan Kittilään, pidettiin jumalanpalvelukset Holmanlinnassa Kaukosessa. Kittilän kesäkirkkoaika kaksi viikkoa jälkeen juhannuksen juontaa juurensa näistä entisajan Sodankylän kirkkoherran käynneistä ja väen kokoontumisista kesäkirkkoon.

Vaatimaton saarnahuone saatiin Ala-Kittilään nykyisestä kirkosta 3 km:n päähän Rovaniemen suuntaan vuoden 1777 vaiheilla ja samoilta ajoilta on peräisin Ala-Kittilässä sijaitseva Luukkinan hautausmaa, joka syrjäytti käytöstä Riikonkosken alla sijainneen Kurjenpolven hautausmaan. Tätä oli käytetty jo lappalaisten hautausmaana pakanuuden ajalla 1500- luvun lopulla, joskin rannemmaksi Ounasjoki-rantaan 1600-luvun alusta lähtien haudatut vainajat oli laitettu itä-länsisuuntaisesti kristillisen tavan mukaan.

Ensimmäisen oman kirkkoherran Kittilä sai 1870. Tämä oli aikakautensa kuuluisin lestadiolaispappi K. A. Heikel. Carl Ludvig Engelin suunnittelema kirkko rakennettiin Yli- Kittilään vuosina 1829 – 31, joten kirkko on saavuttanut jo 175 vuoden iän. Keminmaasta Laurilasta kirkko sai vuodelta 1687 peräisin olevan barokkisaarnastuolin lahjoituksena. Oulun läänin maaherra Abram Stiernschautz lahjoitti oululaisen Johan Gustaf Hedmanin alttaritaulun 1831. Se on kunnostettu Ulla Kiljusen ateljeessa Helsingissä 1977.